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快速使用指南

2020年10月12日 09:49

用户登录

1.下载并安装SSH登录软件,推荐软件列表参见:https://nic.csu.edu.cn/info/1146/1774.htm

2.使用您注册邮箱收到的账户信息及主机(端口)信息进行登录。Linux服务器通常在输入密码时,终端不会有任何显示,输入完成后回车即可

注:仅限校内网络登录,校外使用需通过VPN。

作业提交

本计算平台采用slurm作业调度系统,除本文提到的slurm命令外,其它命令及功能均可通过互联网或slurm使用文档获取。以lammps计算为例:

(1)准备lammps算例文件,如本集群的测试案例:

cp /public/examples/lammps/in.indent ./

(2)复制作业模板到计算任务目录:

cp /public/job_templates/lammps_slurm.sh ./

说明:目录/public/job_templates存放的是常用的作业模板,用户可以复制模板,通过修改参数后使用。

模板说明:

#!/bin/bash

#SBATCH -o Lammps.%j.out ##作业的输出信息文件

#SBATCH -J Lammps ##作业名

#SBATCH -p cpuQ ##使用cpuQ计算队列

#SBATCH --nodes=2 ##申请2个节点

#SBATCH --ntasks-per-node=48 ##每节点运行48个任务(每节点调用48核)

srun hostname>./hostfile.txt ##生成MPI运行需要的hostfile

source /public/software/intel/intel2019/bin/iccvars.sh intel64 ##启用Intel MPI

LMP=/public/software/lammps-3Mar20/lmp_intel_cpu_intelmpi ##定义执行文件

mpirun -machinefile=./hostfile.txt -np $SLURM_NTASKS $LMP -i in.indent ##执行

(3)提交作业

sbatch lammps_slurm.sh

执行提交后,将返回一个作业ID

(4)查看已提交的作业运行状态

squeue

(5)删除作业

scancel作业ID

其他常用的Slurm调度系统命令

sinfo:查看集群计算资源情况

sacct:查看历史作业完成情况

srun:提交交互式作业

注:请勿在登录节点直接运行计算