用户登录
1.下载并安装SSH登录软件,推荐软件列表参见:https://nic.csu.edu.cn/info/1046/1295.htm
2.使用您注册邮箱收到的账户信息及主机(端口)信息进行登录。Linux服务器通常在输入密码时,终端不会有任何显示,输入完成后回车即可
注:仅限校内网络登录,校外使用需通过VPN。
作业提交
本计算平台采用slurm作业调度系统,除本文提到的slurm命令外,其它命令及功能均可通过互联网或slurm使用文档获取。
平台官方教程(仅限校内访问):
http://hpc.csu.edu.cn/manual
其他建议参考资料:
以lammps计算为例:
(1)准备lammps算例文件,如本集群的测试案例:
cp /public/examples/lammps/in.indent ./
(2)复制作业模板到计算任务目录:
cp /public/job_templates/lammps_slurm.sh ./
说明:目录/public/job_templates存放的是常用的作业模板,用户可以复制模板,通过修改参数后使用。
模板说明:
#!/bin/bash #SBATCH -o Lammps.%j.out ##作业的输出信息文件 #SBATCH -J Lammps ##作业名 #SBATCH -p cpuQ ##使用cpuQ计算队列 #SBATCH --nodes=2 ##申请2个节点 #SBATCH --ntasks-per-node=48 ##每节点运行48个任务(每节点调用48核) srun hostname>./hostfile.txt ##生成MPI运行需要的hostfile source /public/software/intel/intel2019/bin/iccvars.sh intel64 ##启用Intel MPI LMP=/public/software/lammps-3Mar20/lmp_intel_cpu_intelmpi ##定义执行文件 mpirun -machinefile=./hostfile.txt -np $SLURM_NTASKS $LMP -i in.indent ##执行 |
(3)提交作业
sbatch lammps_slurm.sh
执行提交后,将返回一个作业ID
(4)查看已提交的作业运行状态
squeue
(5)删除作业
scancel作业ID
其他常用的Slurm调度系统命令
sinfo:查看集群计算资源情况
sacct:查看历史作业完成情况
srun:提交交互式作业
注:请勿在登录节点直接运行计算